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科學家認為科學問題有二種基本類型。一種是探測已存在問題的起源，包括許多”為什麼”的問題。另一種是屬於探測自然現象過程的原因或是機能性的問題，包括大部分”如何”的問題，探究問題可以來自學生本身、老師或是教材。老師引導學生定義問題的時候，特別是對學生自己所提出的問題，扮演著一個批判者的角色。老師在協助學生決定探究問題時，必須考慮問題對學生有意義且具發展性，學生能夠透過觀察和科學知識來回答問題，適合學生的發展層次。這個特徵依學生自主的程度由多到寡分成四個層次：1、由學習者自己提出欲探究的問題，2、學習者在許多問題中挑選問題，提出新的問題成為欲探究的問題，3、學生能修正或是澄清由老師、教材或是其他資料所提供欲探究的問題，4、由老師、教材或是其他資料提供欲探究的問題。
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