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科學和其他知識的方法之區別在於科學以經驗證據為基礎解釋關於自然世界的運作（NRC，1996）。學習者以證據為首要考量，從證據中提出解釋回答問題。由於證據容易被質疑和驗證，所以科學家藉由檢測儀器，重複的觀察，或是和研究有關的不同資料來確保證據的正確性。在教室的探究中，學生使用證據發展對科學現象的解釋。他們細心的觀察、小心的描述、仔細的測量、正確的紀錄來獲得證據。並 從 老師、教材內容、網站等獲得相關資源。這個特徵依學生自主的程度由多到寡分成四個層次：1、學習者決定證據的內容並收集之，2、學習者被引導收集特定的證據，3、學習者被給予資料並被要求分析這些資料，4、學習者被給予資料並被告知如何分析資料。
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